Formé aux études théâtrales aux universités de PARIS 3 et de PARIS 8 (avec Georges Banu, Anne Françoise Benhamou, Claude Régy…), puis à l’école d’acteurs de la Comédie de Reims, dirigée par Christian Schiaretti (promotion 1997), Fabien Joubert a été parallèlement assistant metteur en scène et acteur dans les spectacles de José Renault : L’atelier d’Alberto Giacometti de Jean Genet, La Nuit des Rois de William Shakespeare, Sang et Eau d’Enzo Corman.

 En 1998, Christian Schiaretti l’engage dans la troupe des “Comédiens de la Comédie”. Sous sa direction il joue des textes d’Alain Badiou, Jean-Pierre Siméon, Pierre Corneille, Johannes Von Saaz, Bertolt Brecht, Federico Garcia-Lorca, Pedro Calderon de la Barca…

Ensuite, il joue dans une vingtaine de spectacles avec des compagnies indépendantes, notamment sous la direction de Rémy Barché, David Girondin-Moab, Marine Mane, Jean-Philippe Vidal, Serge Added, Claudia Stavisky…

Il met en scène des textes de Bernard-Marie Koltès, Svetlana Alexiévitch, Hanif Kureishi et Marcel Proust.

Il coécrit et codirige deux moyen-métrages : Le théâtre et ses fantômes et After L.

En 2011, Fabien Joubert crée le collectif d’acteurs O’Brother Company. Dans ce cadre, il produit et joue Dans la solitude des champs de coton (Bernard-Maris Koltès / Marine Mane), Ci Siamo (Arnaud Churin), Oblomov (d’après Gontcharov / Dorian Rossel), Dans les forêts de Sibérie (Sylvain Tesson / O’Brother Company), La Venue des esprits (Laurent Bazin), La Mécanique des esprits (O’Brother Company), L’Amour et les forêts (Eric Reinhardt / Laurent Bazin), Le dîner (Eric Reinhardt / Patrice Thibaud et Jean-Michel Guérin), Othello (William Shakespeare / Léo Cohen-Paperman). Il conçoit en 2018 le Service public de lecture, et avec Rémy Barché La cabane aux histoires.

Parallèlement à la O’Brother Company, il poursuit sa carrière de comédien. En 2019 il interprète Vania dans Oncle Vania de Tchekhov mis en scène par Olivier Chapelet et joue dans le Baptême de Laurent Bazin.